1950年，賀衷寒出任臺(tái)灣國民黨交通部長。他上任后，首先設(shè)立交通干部講習(xí)會(huì)，使交通工作人員接受專業(yè)訓(xùn)練;接著又制訂了交通部所屬各事業(yè)單位企業(yè)化的政策，要求資金向最有利的方向投資，勞力往最有效的地方調(diào)配。隨后，按科學(xué)管理的要求，推出了職責(zé)契約制、資本責(zé)任制、勞動(dòng)效率制、工作檢核制、公共關(guān)系制、資歷管理制等一整套企業(yè)經(jīng)營管理的制度。在他任交通部長期間，還撰寫有《交通管理要義》、《交通管理論叢》等著作。這一切，都在客觀上為以后臺(tái)灣交通事業(yè)的發(fā)展奠定了較好的基礎(chǔ)。當(dāng)然，賀衷寒所做的這一切，都是為蔣介石集團(tuán)“反攻復(fù)國”服務(wù)的。正因?yàn)槿绱?，他在主持交通部工作時(shí)，特別重視海洋船只的發(fā)展，除充實(shí)所謂“國營”航運(yùn)及輔導(dǎo)民用航運(yùn)外，并成立打撈公司，重建復(fù)興航業(yè)公司，以備戰(zhàn)時(shí)之用。

1954年，賀衷寒辭去交通部長之職，出任“總統(tǒng)府”國策顧問。1961年，任國民黨中央設(shè)計(jì)考核委員會(huì)主任委員。1966年以后，任“行政院”政務(wù)委員、“國民大會(huì)”代表、國民黨中央評(píng)議委員會(huì)委員等閑職。這時(shí)，“湖南人有小組織”、“賀衷寒想搞分裂運(yùn)動(dòng)”等流言，逐漸在臺(tái)灣上層人物中傳播。賀衷寒本人亦有所聞。有人勸他晉見蔣介石，表明心跡。賀衷寒聞言，久久不說一句活，繼而自我表白說：“我賀衷寒前額有字，我是三民主義的信徒，我是中國國民黨的黨員，我是領(lǐng)袖的學(xué)生。搞一個(gè)運(yùn)動(dòng)，必定有言論、有行動(dòng)。我賀某未離開臺(tái)灣一步，從未寫過一篇違背中央決策的文章與言論，運(yùn)動(dòng)從何而來？……”憂郁傷感之情溢于言表，好在他是經(jīng)歷過大風(fēng)大浪的，表面上尚能泰然處之。于是，他便于1971年辭去其他一切職務(wù)，僅留一個(gè)國策顧問。

賀衷寒的晚年，除偶爾出席幾次會(huì)議外，平日在家，或讀書看報(bào)，或練字作詩，直至1972年去世。