十三世紀蒙古帝國跟吐蕃宗教國有屬主關(guān)系，十四世紀時，蒙古政權(quán)被逐出長城，吐蕃跟蒙古的聯(lián)系也告斷絕。后來，不知道什么原因，吐蕃的名字消滅，而被稱為烏斯藏。到了十七世紀，又不知道什么原因，烏斯藏的名字也消滅，而改稱為土伯特。

土伯特則分為四區(qū)：

一、藏(后藏，今西藏西部)

二、衛(wèi)(前藏，今西藏中部)

三、喀木(也簡稱康，今西藏東部及四川省最西部)

四、青海(青海湖及柴達木盆地，二十世紀二十年代改稱青海省)。

公元1644年清朝入關(guān)。在西藏五世達賴喇嘛阿旺洛桑嘉措，得到信奉格魯教派的新疆、青海蒙古和碩特部首領(lǐng)固始汗的支持。固始汗率蒙古軍從青海入藏，經(jīng)過一系列作戰(zhàn)，并與五世達賴喇嘛屬下的人員一起謀劃，于公元1642年推翻了統(tǒng)治衛(wèi)藏二十多年的日喀則噶瑪噶舉教派的藏巴汗政權(quán)，開始取得格魯派在藏區(qū)的優(yōu)勢地位，在拉薩建立起“甘丹頗章”這一格魯教派的權(quán)威機構(gòu)。此舉震動了全藏。當(dāng)時，衛(wèi)藏地區(qū)局勢動蕩不定，噶瑪噶舉派的僧眾和藏巴汗政權(quán)的殘余勢力仍在許多地方掀起叛亂，反對格魯派和甘丹頗章權(quán)力機構(gòu)。

固始汗和甘丹頗章采取了鞏固政權(quán)的各項措施，除派兵鎮(zhèn)壓各地叛亂外，一是在拉薩與喇嘛人多勢眾的哲蚌、色拉兩寺緊密聯(lián)系，二是動工重新修建宏偉的布達拉宮以示威懾，三是尋求新近入主中原的清廷作為靠山。清朝當(dāng)時一方面還顧不上直接統(tǒng)治西藏這類邊遠地區(qū)，一方面又需應(yīng)付尚未很好歸附的蒙古各部的威脅。決定拉攏五世達賴喇嘛和固始汗，使之歸附朝廷，于是順治皇帝邀請五世達賴喇嘛赴京。公元1652年(順治九年)，五世達賴喇嘛經(jīng)過長途跋涉，于年底到達北京，順治皇帝對五世達賴喇嘛進行正式冊封，

頒賜金冊金印。此后，歷世達賴喇嘛都必須經(jīng)過中央政府冊封，成為一項制度。

五世達賴喇嘛取得清帝的上述重大支持，特別是受到正式冊封，返藏以后，使格魯教派的統(tǒng)治地位和甘丹頗章機構(gòu)的權(quán)力大大加強，達賴在全藏也更有號召力。

公元1661年，順治皇帝逝世，康熙皇帝即位，仍然大力支持達賴、班禪兩喇嘛為首的格魯教派，每年均派人到西藏看望達賴喇嘛，朝廷與西藏地方的關(guān)系不變。

1682年，達賴五世逝世，最高執(zhí)政官桑結(jié)秘不發(fā)喪，仍用達賴的名義，為自己向中國請求封號，清政府不知道內(nèi)情，就加封桑結(jié)為土伯特國王。桑結(jié)跟當(dāng)時準(zhǔn)噶爾汗國的噶爾丹可汗，秘密結(jié)盟。噶爾丹對庫倫(蒙古烏蘭巴托)活佛的指責(zé)和對外蒙古的攻擊，都是桑結(jié)出的主意。

直到一六九七年，噶爾丹自殺，清廷才知道一直是桑結(jié)從中搗鬼，向桑結(jié)責(zé)問達賴何在，并暗示要派遣軍隊去勘察達賴的生死。

桑結(jié)國王才恐慌起來，急急忙忙找了一位名札陽嘉穆磋的十五歲靈童(這時候達賴五世已死了十五年，所以這個達賴六世必須十五歲，表示他已轉(zhuǎn)生十五年)，宣稱他就是化身，舉行坐床大典。桑結(jié)向清政府報告說，他秘不發(fā)喪的目的只不過為了安定民心。清政府知道他在胡說八道，但沒有追究。

當(dāng)時西藏的政治形態(tài)是：三巨頭并立。土伯特國王桑結(jié)主持行政，喇嘛教主達賴六世主持宗教，和碩特汗國王子拉藏汗(固始汗的曾孫)主持軍事。