正統(tǒng)十四年(1449年)南京文淵閣大火，《永樂大典》所據(jù)原稿付之一炬。

嘉靖三十六年(1557年)四月，宮中失火，奉天門及三大殿均被焚毀，收藏在南京文淵閣的《永樂大典》正本差點(diǎn)毀于大火。

嘉靖四十一年(1562年)：明世宗令人抄寫一本副本，召選書寫、繪畫生員109人，正式抄繪，耗時(shí)六年。隆慶元年(1567年)四月完工。

明末清初：正本下落不明，疑毀于此時(shí)的戰(zhàn)火。亦有可能藏于永陵。

雍正年間：副本收藏在翰林院。

乾隆三十八年(1772年)：修《四庫全書》，發(fā)現(xiàn)《永樂大典》缺失2422卷，有千余冊(cè)不知所終。

乾隆三十九年(1774年)，四庫全書纂修官黃壽齡私自將《永樂大典》六冊(cè)，帶回家中，途中失竊。乾隆帝指責(zé)說：“《永樂大典》，為世間未有之書！本不應(yīng)該聽纂修等攜帶外出！”下令嚴(yán)查，全城戒嚴(yán)。不久六冊(cè)書在御河橋邊被發(fā)現(xiàn)，失而復(fù)得。

嘉慶十三年(1808年)纂修《全唐文》，大臣奉旨入閣參考《永樂大典》。

道光年間纂修《大清一統(tǒng)志》，多參考《永樂大典》。

光緒元年(1875年)：不足五千冊(cè)。

光緒二十年(1894年)：翁同和入翰林院查點(diǎn)，僅存八百余冊(cè)。

光緒二十六年(1900年)：義和團(tuán)圍攻東交民巷外國使館，6月23日，位于英國使館北鄰的翰林院遭縱火，《永樂大典》幾乎全部遭到焚毀，所余無幾。翰林院內(nèi)僅存六十四冊(cè)被陸潤庠運(yùn)回府中。(有說永樂大典為八國聯(lián)軍燒毀，但此時(shí)八國聯(lián)軍剛剛登陸大沽，尚未進(jìn)入北京)

光緒二十七年(1901年)六月十一日英使館交回三百三十冊(cè)大典。

1912年，中華民國政府成立，國務(wù)院批準(zhǔn)將翰林院所存《大典》殘本送歸教育部，60冊(cè)置于京師圖書館，4冊(cè)置于教育部圖書室展覽。

1920年，葉恭綽赴歐洲考察實(shí)業(yè)，在倫敦一間小古董鋪里意外發(fā)現(xiàn)并購回《大典》卷一三九九一殘本。

1934年，館藏《永樂大典》達(dá)93冊(cè)。

1951年：蘇聯(lián)列寧格勒大學(xué)將11冊(cè)《永樂大典》歸還中國。上海商務(wù)印書館董事會(huì)將原藏商務(wù)印書館所屬東方圖書館的二十一冊(cè)捐獻(xiàn)出來。顧子剛捐贈(zèng)三冊(cè)，系北洋軍閥徐世昌所有，周叔弢、趙元方、張季薌、鄭廣權(quán)、王富晉、陳李藹如、趙玉林等先后各捐一冊(cè)。

1954年：蘇聯(lián)國立列寧圖書館贈(zèng)還原藏日本滿鐵圖書館的《永樂大典》52冊(cè)。

1955年：德國萊比錫大學(xué)圖書館贈(zèng)還中國3冊(cè)。蘇聯(lián)科學(xué)院通過中國科學(xué)院圖書館移贈(zèng)1冊(cè)。

1959年：收集《永樂大典》原本兩百一十五冊(cè)，加上副本、微縮膠片等，共七百三十卷，約占全書總卷數(shù)的3%。

1965年，趙萬里捐出所藏2冊(cè)《永樂大典》。

1983年：中國國家圖書館從山東入藏1冊(cè)。