三藩之亂后，僅在臺(tái)灣、澎湖還有殘存的反清勢(shì)力，即為依舊奉明朝正朔的鄭氏政權(quán)。此時(shí)鄭成功之子鄭經(jīng)承襲延平郡王的爵位，他積極參與三藩之亂，曾一度占領(lǐng)福建、廣東的一些地區(qū)，失敗后退守臺(tái)灣、澎湖，并丟失了根據(jù)地金門、廈門。

清朝曾與鄭經(jīng)進(jìn)行過(guò)9次和談，但均未成功。鄭經(jīng)的首要目標(biāo)是保持臺(tái)灣的獨(dú)立地位，因此他不斷宣稱臺(tái)灣不是中國(guó)領(lǐng)土，但他又面臨著清朝嚴(yán)重的軍事威脅，因此做出妥協(xié)，欲向清朝臣服，但要依據(jù)清朝的藩屬國(guó)朝鮮的例子，不剃發(fā)，不登岸，不易衣冠，仍由鄭氏世代統(tǒng)治臺(tái)灣。在康熙六年(1667年)的和談中，鄭經(jīng)聲稱臺(tái)灣“非屬(中國(guó))版圖之中”;在康熙八年(1669年)的和談中，鄭經(jīng)又強(qiáng)調(diào)臺(tái)灣“于版圖疆域之外，別立乾坤”，又說(shuō)臺(tái)灣“遠(yuǎn)在海外，與版圖渺不相涉”?？滴醯墼欢茸龀鲋卮笞尣?，允許鄭氏封藩，世守臺(tái)灣。鄭經(jīng)卻仍然強(qiáng)調(diào)：“茍能照朝鮮事例，不削發(fā)，稱臣納貢，尊事大之意，則可矣”，這一點(diǎn)觸及了康熙帝的底線，他答復(fù)：“若鄭經(jīng)留戀臺(tái)灣，不思拋棄，亦可任從其便。至于比朝鮮不剃發(fā)，愿進(jìn)貢投誠(chéng)之說(shuō)，不便允從。朝鮮系從未所有之外國(guó)，鄭經(jīng)乃中國(guó)之人”，談判因此最終破裂。

臺(tái)灣鄭氏集團(tuán)的存在令清政府如芒刺在背，在一時(shí)無(wú)法消滅鄭氏的情況下，清朝實(shí)行了長(zhǎng)達(dá)幾十年的禁海令。順治十三年(1656年)六月，順治帝敕諭浙江、福建、廣東、江南、山東、天津地方官：“海逆鄭成功等竄伏海隅，至今尚未剿滅，必有奸人暗通線索，貪圖厚利，貿(mào)易往來(lái)，資以糧物。若不立法嚴(yán)禁，海氛何由廓清？自今以后，各該督撫鎮(zhèn)，著申飭沿海一帶文武各官，嚴(yán)禁商民船只私自出海，有將一切糧食貨物等項(xiàng)與逆賊貿(mào)易者，或地方官察出，或被人告發(fā)，即將貿(mào)易之人，不論官民，俱行奏聞?wù)?，貨物入官，本犯家產(chǎn)盡給告發(fā)之人”，此即清朝的“禁海令”，目的是為了封鎖鄭成功集團(tuán)，而不是為了斷絕中外貿(mào)易。禁海令實(shí)行五年后，效果并不明顯，鄭成功集團(tuán)仍然可以從沿海地區(qū)獲得各種物資，于是清政府采納了原鄭成功的部下、降將黃梧的建議，實(shí)行了更為嚴(yán)厲的“遷海令”，將江蘇、浙江、福建、廣東、山東、直隸(今河北)六省的沿海居民遷離海邊30至50里，“寸板不許入?！?，界外房屋村舍一律拆毀焚燒，制造出寬達(dá)幾十里的無(wú)人區(qū)作為隔離帶，“至是上自遼東下至廣東皆遷徙，筑短墻，立界碑，撥兵戍守，出界者死”?！敖Ａ睢迸c“遷海令”給沿海居民帶來(lái)了深重的災(zāi)難，背井離鄉(xiāng)，家庭破產(chǎn)，原來(lái)繁榮的沿海地區(qū)變成了無(wú)人區(qū)，經(jīng)濟(jì)損失更是難以估量，沿海的漁業(yè)、鹽業(yè)、海運(yùn)貿(mào)易等完全廢棄。對(duì)清朝來(lái)說(shuō)，臺(tái)灣問(wèn)題一天不解決，海禁一天不能開放，沿海地區(qū)一天不能恢復(fù)，太平盛世無(wú)從談起。

康熙二十年，平定三藩之亂后，清朝政權(quán)終于統(tǒng)一、穩(wěn)定，解決臺(tái)灣才有可能，而正在此時(shí)，臺(tái)灣鄭氏集團(tuán)發(fā)生了嚴(yán)重的內(nèi)訌。鄭經(jīng)去世，鄭氏集團(tuán)的實(shí)力派人物馮錫范、劉國(guó)軒聯(lián)合發(fā)動(dòng)政變，殺死掌握軍政大權(quán)鄭經(jīng)的長(zhǎng)子鄭克臧，而立他年僅12歲的弟弟鄭克爽，實(shí)際權(quán)力掌握到了馮、劉二人手中，他們借機(jī)迫害異己勢(shì)力，鄭氏集團(tuán)內(nèi)部矛盾激化，人心渙散。在和談過(guò)程中，清朝并沒(méi)有放松招降，再加上經(jīng)濟(jì)封鎖，鄭經(jīng)的部下紛紛投降清朝，前后達(dá)20多萬(wàn)人，嚴(yán)重削弱了鄭氏集團(tuán)的實(shí)力。

在平定三藩過(guò)程中，清朝恢復(fù)福建水師建制，并訓(xùn)練成了一支勁旅?？滴跏拍?，福建水師與陸軍聯(lián)合夾擊，將東南沿海地區(qū)的鄭氏集團(tuán)軍隊(duì)全部驅(qū)逐。福建水師在收復(fù)東南沿海地區(qū)的作戰(zhàn)中顯示出來(lái)的實(shí)力和作用，增強(qiáng)了清朝統(tǒng)治者實(shí)施海上軍事行動(dòng)和武力統(tǒng)一臺(tái)灣的信心。此后，清政府改變了以往放棄沿海、守衛(wèi)內(nèi)陸的消極防御方針，將水師部隊(duì)分別部署在金門、廈門、銅山、海壇(今福建龍海縣)，隨時(shí)準(zhǔn)備對(duì)臺(tái)灣鄭氏集團(tuán)采取軍事行動(dòng)。