裕固族信仰喇嘛教，是屬于喇嘛教格魯派(黃教)。但是，裕固族的祖先在歷史上曾信過(guò)別的宗教。在公元8世紀(jì)中以前，回紇人就曾信仰薩滿教。他們崇拜精靈，崇拜祖先，害怕雷霆。還應(yīng)時(shí)而產(chǎn)生了能預(yù)卜吉兇、呼風(fēng)喚雨的男女巫師。后來(lái)，裕固族的祖先又先后信仰過(guò)摩尼教和佛教。

到了8世紀(jì)中葉，回紇政權(quán)建立后，隨著封建制度的日益發(fā)展，本來(lái)崇拜精靈的原始薩滿教已經(jīng)不能滿足新興封建主階級(jí)的需要了，為了維護(hù)各部落的統(tǒng)一，加強(qiáng)君主的威望，這就需要產(chǎn)生一個(gè)能夠庇護(hù)唯我獨(dú)尊的君主地位的神，于是在公元762年，回紇第三代可汗牟羽可汗出兵助唐平定“安史之亂”后，帶回四個(gè)摩尼僧，牟羽可汗宣布摩尼教為國(guó)教。從這時(shí)起，回紇人信仰了摩尼教。

11世紀(jì)初的甘州回鶻在裕固族歷史上處于重要階段。在這個(gè)時(shí)期里，信仰摩尼教的回鶻人從漠北來(lái)到佛教興盛的河西地區(qū)，由于受當(dāng)?shù)匚幕妥诮痰挠绊懀９套宓淖嫦葤仐壛四δ峤?，改信佛教。并為佛教的傳播作出了貢獻(xiàn)，對(duì)河西地區(qū)乃至周圍其他民族，都有過(guò)一定的影響。

到了元代，元朝統(tǒng)治者崇尚喇嘛教薩迦派，這樣，裕固族的祖先又改信了喇嘛教。

喇嘛教的組織非常嚴(yán)密，設(shè)有喇嘛(有的寺院稱堪布或活佛)、法臺(tái)、僧官、提經(jīng)、僧人和班弟。喇嘛是寺院的最高統(tǒng)治者，以轉(zhuǎn)世來(lái)繼承。喇嘛、法臺(tái)、僧官有打罰僧人和班弟的權(quán)力，一般僧人很難升為法臺(tái)和僧官，即使有個(gè)別的，也要付出大量的錢財(cái)。班弟大多數(shù)是貧苦牧民的子弟，他們?yōu)槔锘騻鹘?jīng)的師傅長(zhǎng)期服無(wú)償勞動(dòng)。

喇嘛教對(duì)裕固族人民的經(jīng)濟(jì)生活有著很嚴(yán)重的滲入和影響。各個(gè)寺院每年通過(guò)部落或直接由寺院借放會(huì)、念經(jīng)的名義，向牧民強(qiáng)派布施。如每年每個(gè)寺院都有定期的正月大會(huì)、四月大會(huì)、六月大會(huì)、十月(或九月) 大會(huì)，每月十五還有一次小會(huì)。這樣，寺院上層不僅占有大量牲畜和草場(chǎng)，還通過(guò)這些名目繁多的放會(huì)、念經(jīng)、算卦向牧民收取布施。

如今，裕固人的宗教信仰中仍然包含有很大比例的原始薩滿教信仰的成分。裕固族薩滿教的巫師稱“也赫哲”或“喀目”。在從前，由也赫哲所主持的儀式活動(dòng)主要有每年農(nóng)歷正月舉行的祭“汗騰格爾”(祭天神)儀式、農(nóng)歷六月舉行祭鄂博(敖包)儀式以及各種治病求福的巫術(shù)活動(dòng)。另外，現(xiàn)代裕固人對(duì)火的崇拜現(xiàn)象、火葬習(xí)俗、許多驅(qū)邪禳災(zāi)活動(dòng)等，都與古老的薩滿教信仰有關(guān)。在上述各種儀式活動(dòng)中，80年代以后恢復(fù)的主要是祭鄂博儀式。此儀式的恢復(fù)可能與藏傳佛教中的類似的宗教活動(dòng)有關(guān)?，F(xiàn)在裕固族地區(qū)的祭鄂博儀式多以行政村為單位舉辦或輪流舉辦。有的地方已經(jīng)開(kāi)始將這類活動(dòng)與當(dāng)?shù)氐穆糜谓哟顒?dòng)相結(jié)合，使原來(lái)的祭鄂博活動(dòng)在內(nèi)容和形式上越來(lái)越具有現(xiàn)代民族文化傳播意義。