公元前2世紀(jì)、張騫出使西域，西漢王朝始設(shè)西域都護(hù)管轄。塔什庫爾干地區(qū)屬于交通要道，“絲綢之路”的咽喉。塔吉克族先民在東西方文化交流中受到熏陶，并發(fā)展自己。公元2-3世紀(jì)，在塔什庫爾干一帶出現(xiàn)了朅盤陀國，朅盤陀人是中國塔吉克族的遠(yuǎn)祖。3-4世紀(jì)，他們已發(fā)展了灌溉農(nóng)業(yè)，過半農(nóng)半牧生活。朅盤陀國有12座城堡和10多所寺院。以小乘佛教為國教。唐朝時，屬安西都護(hù)府管轄。開元(713-741)中，在此設(shè)“蔥嶺守捉”戌所。公元8世紀(jì)，朅盤陀國消亡。公元9-16世紀(jì)，塔什庫爾干地區(qū)先后受吐蕃、喀拉汗王朝、西遼、蒙古元朝和察合臺汗國的管轄。特別是從10世紀(jì)開始傳入喀拉汗王朝境內(nèi)的伊斯蘭教，對塔吉克人的影響強(qiáng)烈，以致后來成為全民族信仰的宗教。明朝后期，在色勒庫爾的中心地帶已有一批塔吉克族小村落。從17世紀(jì)后期到19世紀(jì)，帕米爾西部和南部的什克南、瓦罕等地的許多塔吉克人遷入色勒為爾，逐漸成為中國的塔吉克族。17世紀(jì)中葉，清朝統(tǒng)一全國，對塔什庫爾干，沿用元朝的名稱“色勒庫爾”，建置色勒庫爾回莊，歸喀什噶爾參贊大臣管轄。

清代的建置，大大加強(qiáng)了塔吉克族地區(qū)同南疆維吾爾族地區(qū)經(jīng)濟(jì)與文化的密切聯(lián)系。

塔吉克族的祖先大概曾經(jīng)歷過以女性為中心的母權(quán)制時代?！洞筇莆饔蛴洝A盤陀國》在記述其建國傳說中稱，其始祖母與太陽神相會而孕，生下其王。從塔吉克始祖的傳說來看，其先民曾實行過母權(quán)制。即漢公主為王期間，是以女性為王并以女世襲的。

自漢公主去世之后，其子襲位。自此朅盤陀國實行的是以男性為中心的父權(quán)世襲制，這是塔吉克族先民早期社會的一次重大的變革。由于傳統(tǒng)勢力的影響，實行這一變革無疑是十分困難的，僅靠個人的力量是不可能的，還必須借助神的力量。

而當(dāng)時他們所崇奉的最高神可能是太陽神，為了取得本國人們的支持和擁護(hù)，為了使本國人們承認(rèn)自己的王位和鞏固以男子為中心的父權(quán)制。朅盤陀王便宣稱自己是太陽神的兒子，與一般的凡人不同。其后裔也編造種種神話，說他出生神異，有許多凡人所沒有的特殊本領(lǐng)。自朅盤陀王襲位后，一直是實行王族男性世襲制。

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明代和清初，由于許多柯爾克孜族在塔吉克族地區(qū)色勒庫爾草原上放牧，因而把色勒庫爾的塔吉克族作為西布魯特(清代對柯爾克孜族的稱呼)19部之一。乾隆年間，清政府平定準(zhǔn)噶爾和南疆大、小和卓叛亂之后，在新疆實行軍府制度，設(shè)將軍府(駐伊犁)統(tǒng)轄新疆，由參贊大臣負(fù)責(zé)新疆南部的軍事和行政。在各城設(shè)辦事大臣或領(lǐng)隊大臣。

此后，把塔吉克人聚居的色勒庫爾作為一個回莊--色勒庫爾回莊?；厍f以北仍為柯爾克孜色勒庫爾部落的游牧地。色勒庫爾回莊受葉爾羌辦事大臣管轄，并實行伯克制。由于色勒庫爾是邊防重地，所以設(shè)立的伯克品級較高，為五品阿奇木伯克。阿奇木伯克是地方首席長官，管理地方民政;另設(shè)六品的伊什罕伯克和商伯克各一名，七品的阿爾巴布伯克等五名，輔助阿奇木伯克，分管稅收、司法等事宜(《新疆識略》卷三)。

頭幾任伯克都是色以提沙利的后代，由清政府任命。十九世紀(jì)初以后，由葉爾羌辦事大臣另行委派本民族其他上層人士擔(dān)任這一職務(wù)。

1884年新疆建省以后，各地都廢除了伯克制度，一些地位較高的伯克改充“頭目”，大多數(shù)伯克改任鄉(xiāng)約和各級衙門的官吏等職務(wù)。由于色勒庫爾屬邊遠(yuǎn)地區(qū)，為保障邊疆穩(wěn)定，清政府繼續(xù)在其地實行伯克制度，仍舊留用正副阿奇木伯克二人。

盛世才統(tǒng)治時期取消了上述所有各級伯克，設(shè)立區(qū)、鄉(xiāng)、村三級行政機(jī)構(gòu)。

1949年以后建立塔吉克族自治縣，實現(xiàn)民族區(qū)域自治。