《辛丑條約》中規(guī)定，清政府向西方八國(guó)共賠款白銀4億5千萬(wàn)兩，美國(guó)應(yīng)得到其中的3200多萬(wàn)兩，折合美金2400多萬(wàn)元。

1906年初美國(guó)伊利諾大學(xué)校長(zhǎng)愛(ài)德蒙·詹姆士送呈總統(tǒng)西奧多·羅斯福一份備忘錄，要求美國(guó)政府加速吸引中國(guó)留學(xué)生到美國(guó)去。同年3月6日美國(guó)傳教士明恩溥到白宮進(jìn)謁羅斯福總統(tǒng)。他建議總統(tǒng)將中國(guó)清政府的庚子賠款退還一部分，專(zhuān)門(mén)開(kāi)辦和津貼在中國(guó)的學(xué)校。1907年明恩溥發(fā)表《今日的中國(guó)和美國(guó)》一書(shū)，他在書(shū)中指出，應(yīng)該多讓一些中國(guó)知識(shí)分子去美國(guó)留學(xué)。

在明恩溥等人的推動(dòng)、鼓吹下，羅斯福給國(guó)會(huì)提出了一個(gè)諮文，指出："我國(guó)宜實(shí)力幫助中國(guó)厲行教育，使此巨數(shù)之國(guó)民能以漸融洽于近世之境地。援助之法宜招導(dǎo)學(xué)生來(lái)美，入我國(guó)大學(xué)及其它高等學(xué)社，使修業(yè)成器，偉然成才，諒我國(guó)教育界必能體此美意，同力合德，贊助國(guó)家成斯盛舉。"

1908年5月25日，美國(guó)國(guó)會(huì)通過(guò)羅斯福的諮文。同年7月11日，美國(guó)駐華公使柔克義向中國(guó)政府正式聲明，將美國(guó)所得“庚子賠款”的半數(shù)退還給中國(guó)，作為資助留美學(xué)生之用。留下的那部分“實(shí)應(yīng)賠償”，內(nèi)容包括美國(guó)出兵中國(guó)的軍費(fèi)賠償及美在華商人與傳教士的損失賠償。

當(dāng)時(shí)為什么美國(guó)人想用退賠的庚款辦學(xué)呢？美國(guó)伊里諾大學(xué)校長(zhǎng)詹姆士在1906年給羅斯福的一份備忘錄中聲稱(chēng)：“哪一個(gè)國(guó)家能夠做到教育這一代中國(guó)青年人，哪一個(gè)國(guó)家就能由于這方面所支付的努力，而在精神和商業(yè)上的影響取回最大的收獲?！薄吧虡I(yè)追隨精神上的支配，比追隨軍旗更為可靠。”因此他敦促美國(guó)政府采取措施通過(guò)吸引中國(guó)留學(xué)生來(lái)造就一批為美國(guó)從知識(shí)和精神上支配中國(guó)的新的領(lǐng)袖。

1908年10月28日，兩國(guó)政府草擬了派遣留美學(xué)生規(guī)程：自退款的第一年起，清政府在最初的4年內(nèi)，每年至少應(yīng)派留美學(xué)生100人。如果到第4年就派足了400人，則自第5年起，每年至少要派50人赴美，直到退款用完為止。被派遣的學(xué)生，必須是“身體強(qiáng)壯，性情純正，相貌完全，身家清白，恰當(dāng)年齡”，中文程度須能作文及有文學(xué)和歷史知識(shí)，英文程度能直接入美國(guó)大學(xué)和專(zhuān)門(mén)學(xué)校聽(tīng)講，并規(guī)定他們之中，應(yīng)有80%學(xué)農(nóng)業(yè)、機(jī)械工程、礦業(yè)、物理、化學(xué)、鐵路工程、銀行等，其余20%學(xué)法律、政治、財(cái)經(jīng)、師范等。

同時(shí)，中美雙方還商定，在北京由清政府外務(wù)部負(fù)責(zé)建立一所留美訓(xùn)練學(xué)校。于是，1909年6月，北京設(shè)立了游美學(xué)務(wù)處，這就是清華大學(xué)的雛形。1909年8月，內(nèi)務(wù)府將皇室賜園---清華園，撥給學(xué)務(wù)處，作為游美肆業(yè)館的館址，學(xué)務(wù)處在史家胡同招考了第一批學(xué)生，從630名考生中，錄取了47人，于10月份赴美。這就是后來(lái)庚款留美學(xué)生的由來(lái)。

1910年8月又舉行了第二次招考。400多人應(yīng)考，最后錄取了70人。這第二批庚款留美學(xué)生中，后來(lái)出了一個(gè)大名鼎鼎的胡適，他當(dāng)年考了個(gè)第55名。同榜中還有后來(lái)的語(yǔ)言學(xué)家趙元任、氣象學(xué)家竺可楨等。

1911年初，利用庚款而專(zhuān)門(mén)為培養(yǎng)赴美留學(xué)生的清華留美預(yù)備學(xué)校正式成立。在此后十多年間，據(jù)統(tǒng)計(jì)，由清華派出的留美學(xué)生就達(dá)1000多人。1928年8月17日，清華學(xué)校改名為清華大學(xué)，羅家倫出任校長(zhǎng)。那一年開(kāi)始公開(kāi)招考留美公費(fèi)生。1933年，又開(kāi)始公開(kāi)招考第一批庚款留英學(xué)生。

美國(guó)的退款，產(chǎn)生了很大的國(guó)際影響。第一次世界大戰(zhàn)爆發(fā)后，北京政府于1917年8月對(duì)德奧宣戰(zhàn)，并停付庚款。大戰(zhàn)平息后，中國(guó)也涉足于戰(zhàn)勝?lài)?guó)的地位，各國(guó)都表示愿與中國(guó)“友好”，以便用和平的辦法維護(hù)和擴(kuò)張其在華利益，所以都緊步美國(guó)的后塵，陸續(xù)放棄或退回了庚子賠款余額。退款被廣泛地應(yīng)用到中國(guó)的教育文化事業(yè)和實(shí)業(yè)中。只有日本分文不退，用這筆錢(qián)財(cái)發(fā)展軍備，建立教育，遂速成為20世紀(jì)的強(qiáng)盛帝國(guó)。

1924年，美國(guó)國(guó)會(huì)通過(guò)決議，將其余的庚子賠款用于中國(guó)，成立“中國(guó)文教促進(jìn)基金會(huì)”（或稱(chēng)“中國(guó)基金會(huì)”），掌管的金額為1254·5萬(wàn)美金，北洋政府任命了由10名 中國(guó)人和5名美國(guó)人組成的托管董事會(huì)。其中的相當(dāng)部分金額以獎(jiǎng)學(xué)金的方式提供給清華大學(xué)。由于這樣的一種特殊的經(jīng)費(fèi)來(lái)源和運(yùn)作模式，清華從創(chuàng)建伊始，在諸多方面就已經(jīng)具備了自己的一些特別的優(yōu)勢(shì)和辦學(xué)條件，也因此而有別于國(guó)內(nèi)的其他大學(xué)。這樣的環(huán)境也給了梅貽琦治校在客觀(guān)上奠定了一定的物質(zhì)基礎(chǔ)和提供了必要的辦學(xué)條件。國(guó)外的歷史學(xué)家評(píng)論道：“清華其成功的一大秘訣是，當(dāng)其他院校求助于軍閥政 權(quán)不穩(wěn)定的施舍時(shí)，清華的年度預(yù)算是有保障的?！保?）這種觀(guān)點(diǎn)雖暗含夸大美國(guó)所起的作用之意，但基本還是公允的。

在中國(guó)科學(xué)院院士中，“清華人”幾近三分之一。1949年掌管“清華基金”的杰出教育家梅貽琦先生到臺(tái)灣后，又利用這筆款項(xiàng)創(chuàng)辦了新竹清華大學(xué)。

由于清華的經(jīng)費(fèi)來(lái)源較為充裕，使其辦學(xué)亦有相當(dāng)?shù)淖灾餍?，這些條件又對(duì)治校方面自然產(chǎn)生一些影響，促進(jìn)了清華在學(xué)校的管理制度方面和運(yùn)行機(jī)制上逐漸地形成一套獨(dú)立的、具有清華自身特點(diǎn)的東西，并由此產(chǎn)生了一些特殊的體制和風(fēng)格，乃至后來(lái)清華校風(fēng)與學(xué)風(fēng)的逐步形成，都與此有千絲萬(wàn)縷的內(nèi)在聯(lián)系。而這種特徵較明顯的反映出來(lái)的一個(gè)例證，即是20－30年代初期，清華大學(xué)出現(xiàn)的幾次大規(guī)模的學(xué)校風(fēng)潮。其中，清華校長(zhǎng)多次易人，竟有十幾任之多，甚至出現(xiàn)清華幾年沒(méi)有校長(zhǎng)，由校務(wù)會(huì) 議維持的尷尬局面。

美國(guó)用心良苦的教育計(jì)劃，成效卓然。考取庚子賠款（胡適是第二批）而留美的中國(guó)學(xué)生，在后來(lái)的幾十年間成了中國(guó)學(xué)術(shù)界最閃亮的明星，而他們的言傳身教，又深深地影響了后來(lái)者。

到了30年代，美國(guó)已超過(guò)日本，成為中國(guó)留學(xué)生最多的國(guó)家。而同時(shí)，美國(guó)人在中國(guó)建立了12所教會(huì)大學(xué)，這其中包括赫赫有名的燕京大學(xué)。教會(huì)醫(yī)院則出現(xiàn)了協(xié)和醫(yī)院，洛克菲勒基金會(huì)則資助了中國(guó)學(xué)者們的農(nóng)村調(diào)查與考古行動(dòng)。