“九陰真經(jīng)”出現(xiàn)在江湖中，引起各路武林人士爭(zhēng)奪。王重陽(yáng)、黃藥師、歐陽(yáng)鋒、段智興、洪七公決定在華山論劍，誰(shuí)奪得“天下第一”則歸誰(shuí)。黃藥師等人敗給了王重陽(yáng)，但黃藥師也得到五絕之一“東邪”的稱號(hào)。

而后黃藥師娶馮衡為妻，早年所收的徒弟除去陳玄風(fēng)、梅超風(fēng)、曲靈風(fēng)、陸乘風(fēng)四大弟子之外還有兩個(gè)小弟子武眠風(fēng)和馮默風(fēng)。

王重陽(yáng)逝世后，死前交代周伯通將經(jīng)書上下卷分開(kāi)藏匿?！袄项B童”周伯通在運(yùn)送《九陰真經(jīng)》下卷至藏匿地點(diǎn)的途中遇到黃藥師與其新婚妻子馮衡，馮氏憑借過(guò)目不忘騙老頑童真經(jīng)為假，周伯通一怒之下毀去經(jīng)書，而后馮衡默出《九陰真經(jīng)》下卷交予黃藥師。

因黃藥師只有下卷經(jīng)書，自負(fù)可以從下卷中自創(chuàng)上卷內(nèi)功基礎(chǔ)，因而發(fā)誓若不練成經(jīng)中所載武功，便不離桃花島一步。

陳玄風(fēng)、梅超風(fēng)互生愛(ài)慕，恐黃藥師性格怪癖不予應(yīng)允，決定竊取了師父的《九陰真經(jīng)》下卷。黃藥師后來(lái)得知，一怒之下挑斷其余弟子腿筋，全部逐出師門。

馮衡為了安慰黃藥師，再想把經(jīng)文默寫出來(lái)。但因不懂含義多半忘記，因而苦思幾日幾夜寫下了七八千字而導(dǎo)致流產(chǎn)生下黃蓉，自己因此逝世。

日后周伯通得知其受騙于黃藥師二人，為防上冊(cè)經(jīng)書被盜，于是攜帶《九陰真經(jīng)》上卷經(jīng)書前往黃藥師居所桃花島追討經(jīng)文，其時(shí)馮衡已死，黃藥師又因周伯通言語(yǔ)相激，與之展開(kāi)激烈交戰(zhàn)，使出“彈指神通”射斷周伯通雙腳，從此困周伯通于島上十五年。多年之后發(fā)現(xiàn)黃蓉為周伯通送酒及食物，因而責(zé)罵她，黃蓉和父親賭氣從而由浙江一路北上。