1402年6月，朱棣率“靖難”大軍攻入南京，建文帝下落不明，不久后朱棣正式登基稱帝，改年號為永樂。燕王朱棣是通過靖難起事奪取皇位，以武力非法奪取了建文帝政權，社會上流言四起。為此朱棣任用親信紀綱統(tǒng)領錦衣衛(wèi)，以加強對社會輿論的監(jiān)督。但紀綱橫行霸道，肆無忌憚，漸漸脫離朱棣的掌控，竟欲篡權謀反。東廠設掌印太監(jiān)一員，為最高長官，全稱職銜為：欽差總督東廠官校辦事太監(jiān)，簡稱為提督東廠，部屬尊稱其為“督主”或“廠公”。東廠初設時提督東廠之職由司禮監(jiān)掌印太監(jiān)兼任，后因事務繁雜，改由司禮監(jiān)秉筆太監(jiān)中位居第二、第三者擔任。此外東廠還有掌班、領班、司房等職務，人員不定。

東廠的掌刑官并不是太監(jiān)，而是用錦衣衛(wèi)的千戶、百戶擔任。其中有掌刑千戶一人，理刑百戶一人，也稱之貼刑官。至于那些“基層辦案人員”，也全部來自錦衣衛(wèi)，“輕黠獧巧者乃撥充之”。役長也叫“檔頭”，“帽上銳，衣青素衤旋褶，系小絳，白皮靴”，專門負責偵查。檔頭手下有“番子”數(shù)人，專門從事抓捕、拷問。

正德元年，以劉瑾為首的“八虎”專權亂政，劉瑾命人殺死東廠太監(jiān)王岳，命丘聚代之，又設西廠以命谷大用。他們廣派偵查人員，東廠的偵緝范圍甚至擴大到了全國，連“遠州僻壤，見鮮衣怒馬作京師語者，轉相避匿”。東廠番子在京城活動，謀取私利，他們常常羅織罪名，誣賴良民，之后就屈打成招，趁機敲詐勒索。朝廷官員也遭到迫害，“御史柴文顯、汪澄以微罪至凌遲，官吏軍民非法死者數(shù)千”。此時的東廠才“威名遠震”。

崇禎帝即位后，立即將魏忠賢處置，但他并未將東廠廢除，反而任命“王體乾、王永祚、鄭之惠、李承芳、曹化淳、王德化、王之心、王化民、齊本正等相繼領廠事，告密之風未嘗息也”。1642年御史楊仁上疏建議廢除東廠，崇禎帝依舊沒有采納，反而為東廠辯護。1644年3月備受崇禎帝信賴的太監(jiān)打開彰義門，北京城陷落，崇禎帝自縊，大明王朝滅亡，而建立224年的東廠也宣告滅亡。

東廠原本是皇帝為鞏固皇權所建立的特務機構，但卻最終成為宦官專權的工具。更加諷刺的是，在東廠大堂內懸掛著岳飛的畫像，提醒著東廠的緹騎辦案毋枉毋縱，而且堂前還豎立著一座“百世流芳”的牌坊，實在是可笑之極。