本紀(jì)共二十四卷，就卷數(shù)而論，《明史》本紀(jì)所占不足全書十分之一，若以字?jǐn)?shù)而論，則所占不及全書二十五分之一。由此可知本紀(jì)在《明史》中所占比例甚小，這是《明史》編纂體例中的一個(gè)特點(diǎn)。本紀(jì)在紀(jì)傳體史書中，是以編年形式敘史的部分，《明史》顯然是將本紀(jì)作為全史之綱，以簡明扼要的方式，首列于全書之前，使人在讀閱這部史書之時(shí)，首先了解到有明一代歷史之概況，而不是使人在讀閱本紀(jì)時(shí)便事無巨細(xì)盡覽盡知。這應(yīng)該算是《明史》修纂整體設(shè)計(jì)上的獨(dú)到之處。

《明史》本紀(jì)的另一個(gè)特點(diǎn)，是尊重史實(shí)，不以明代官定史論為據(jù)。如建文帝年號于成祖奪位后革除，其四年實(shí)錄僅以元、二、三及洪武三十五年，附于《明太祖實(shí)錄》之后。《明史》中則專立《恭閔帝紀(jì)》一卷，甚為得體。再如英宗削景泰帝號，情形與建文事相似，《明史》中亦處理得當(dāng)。清代史家錢大昕曾論稱：“其例有創(chuàng)前史所未有者。如《英宗實(shí)錄》附景泰七年事，稱郕戾王，而削其廟號，此當(dāng)時(shí)史臣曲筆。今分英宗為前后兩紀(jì)，而列景帝紀(jì)于中，斟酌最為盡善?！?錢大昕：《十駕齋養(yǎng)新錄》卷九)明洪武中懿文太子朱標(biāo)，因早逝而未及繼位，建文元年(1399)追尊為孝康皇帝，廟號興宗。成祖奪位后，廢其帝號廟號，復(fù)稱懿文太子。是雖曾有帝號，而未改元登極，故不入本紀(jì)，而入列傳，但其曾有帝號，亦為史實(shí)，又與諸傳不同，特于后妃傳后，諸王傳前立傳。與之同列者，又有嘉靖皇帝之父，興獻(xiàn)王朱祐杬。嘉靖中興大禮議，特尊其父為睿宗興獻(xiàn)皇帝，也屬僅有帝號而已?！睹魇贰繁炯o(jì)不列興宗、睿宗，正與其以本紀(jì)為敘述有明一代歷史之大綱有關(guān)。光宗即位于萬歷四十八年(1620)八月初一，死于同年九月初一，在位僅一月，未及改元，遂定以是年八月后為泰昌元年?！豆庾诒炯o(jì)》于是附于《神宗本紀(jì)》之后，未單立一卷，僅以數(shù)百字述過，不失為大綱之作。

《明史》本紀(jì)雖以時(shí)間長短為本，分卷記史，然而又不盡拘泥于此。太祖在位三十一年，本紀(jì)則占三卷，因其為開國之君。成祖在位二十二年，本紀(jì)則占三卷，雖可稱因其奪位登極，事屬特殊，則已有輕重之分。英宗二卷，尚可因前后各有年號為由，憲宗二十二年，亦占二卷，世宗四十五年，神宗四十八年，同樣各占二卷，莊烈帝十七年，亦占二卷?？梢娭T人修史，頗以史事輕重?cái)⑹觯擞址掀淞⒕V之體?？偟膩砜矗睹魇贰繁炯o(jì)，分帝而述，編年記事，又不失為一個(gè)整體，筆墨雖少，卻完整明了，輕重適宜?！睹魇贰繁炯o(jì)中一大令人遺憾之處是未能給南明諸帝立紀(jì)，這是清初政治形勢所決定的。清朝官修史書，不僅不可能給南明諸帝立紀(jì)，甚至于列傳中亦不立傳。清初私家修史，妄談及此，則也難免于“文字獄”之禍。