黃侃字季剛，少年懷才負(fù)氣，未弱冠，即已寢饋經(jīng)史百家矣。1906年，章太炎在東京開(kāi)設(shè)“國(guó)學(xué)講習(xí)會(huì)”，定期講授文字學(xué)、音韻學(xué)等課程，黃季剛始從章太炎治古韻，后乃精思獨(dú)詣，自成家法，其用工之深，求真之切，雖干嘉諸老，不能過(guò)也。其學(xué)問(wèn)在章門諸子中首屈一指，與章太炎并稱“章黃”。章太炎曾說(shuō)：“季剛從余學(xué)，年余冠耳，所為文已淵懿非凡?！庇终f(shuō)：“清通練要之學(xué)，幼眇安雅之辭，并世固難得其比，雖以師禮事予，轉(zhuǎn)相啟發(fā)者多矣！”

一九一三年八月十一日，章太炎應(yīng)共和黨之召，由上海抵北京，共和黨此時(shí)已脫離進(jìn)步黨而獨(dú)樹(shù)一幟，推黎元洪為理事長(zhǎng)，章太炎副之。惟黨人較少，黨勢(shì)過(guò)弱，為謀當(dāng)前之發(fā)展計(jì)，遂敦請(qǐng)章氏北上，共商對(duì)策。章氏亦欲有所擘畫，即應(yīng)召而至。袁世凱以章氏好為詆訶，固深忌之，且聞其曾與謀二次革命，尤不愜于懷。章氏下榻于化石橋共和黨本部，自以為無(wú)患，而黨部前，已軍警布列，名為保護(hù)，實(shí)則監(jiān)視。其實(shí)共和黨鄭某、胡某陰受袁賄賂，誘騙章氏入京。章太炎心中也有數(shù)，據(jù)其夫人湯國(guó)梨口述云：“(章太炎)定要去京，面直包藏禍心的袁世凱，明知虎穴也要去，不入虎穴，焉得虎子！”不料一入都門，竟遭軟禁。

黃季剛在八月二十日收到湯國(guó)梨來(lái)函后，二十九日即辭家由海路進(jìn)京，九月七日抵北京，拜見(jiàn)章太炎。九月十五日陰歷中秋，章黃師徒有詠懷唱和詩(shī)，章詩(shī)有“虞卿捐相印，蓬轉(zhuǎn)隨逋囚。魏網(wǎng)密凝脂，收骨知王修?！敝?，其意是他去官(時(shí)任東北籌邊使)反袁，卻遭到袁氏嚴(yán)密的監(jiān)控，有如曹魏之刑網(wǎng)，必置己于死地;而己死后，收骨之人必有急難如王修者。在此王修暗指黃季剛，師生間肝膽相照，彼此的心事是深深了解的。

據(jù)共和黨干事吳宗慈說(shuō)章太炎幽居期間，“談話既窮，繼以狂飲，醉則怒罵，甚或于窗壁遍書‘袁賊’字以泄憤，或掘樹(shù)書‘袁賊’，埋而焚之，大呼‘袁賊燒死矣’?！倍洗藭r(shí)對(duì)章太炎尚具善意，只是不愿其出京和發(fā)表任何文字罷了。從章太炎致袁世凱書中，可知趙秉鈞曾與袁氏計(jì)議，欲請(qǐng)章氏擔(dān)任國(guó)史館長(zhǎng)一職，但章太炎以“豈能與雞鳴狗盜從事耶？”“縱作史官，亦倡優(yōu)之?dāng)?shù)耳！”而斷然拒絕。最后由黎元洪斡旋，建議設(shè)立“考文苑”，但以其規(guī)模較大，恐難即就，乃改為“弘文館”，其工作則為編字典等，館員有其門生錢玄同、馬裕藻、沈兼士、朱希祖等。并允撥給大洋數(shù)千元做開(kāi)辦費(fèi)，其經(jīng)費(fèi)每月若干，但章太炎開(kāi)出條件要“同苑須四十人(仿法國(guó)成法)，書籍碑版印刷之費(fèi)，數(shù)復(fù)不少，非歲得二十四萬(wàn)元不就?！闭率显羌南Ｍ诤胛酿^的設(shè)立，以主持該機(jī)構(gòu)，弘揚(yáng)文化。拖至一九一三年底，他發(fā)現(xiàn)袁氏只是用種種借口羈留自己，于是一九一四年一月三日強(qiáng)行離京，但遭軍警阻攔，章太炎痛罵袁氏無(wú)狀。七日，章氏以大勛章作扇墜，臨總統(tǒng)府之門，大詬袁世凱包藏禍心，陸建章奉袁命，幽章氏于龍泉寺。

而在此之前，從來(lái)無(wú)意于仕途的黃季剛，卻突然出任被章太炎罵為“四兇”之一的趙秉鈞之秘書長(zhǎng)，委實(shí)令人詫異與不解！黃季剛的弟子兼女婿潘重規(guī)在《師門風(fēng)義》文中云：“當(dāng)太炎先生絕食后與袁氏瀕臨談判決裂的時(shí)刻，季剛先生卻突然出任袁氏心腹直隸總督趙秉鈞的秘書長(zhǎng)。”然據(jù)《民國(guó)職官年表》得知，趙秉鈞于一九一三年十二月十六日接替馮國(guó)璋出任直隸都督。而黃焯(黃侃之侄)在《黃季剛先生年譜》中云：“十二月，直隸都督趙秉鈞延先生赴天津，以秘書長(zhǎng)見(jiàn)諉。先生度已至此，強(qiáng)應(yīng)之?！秉S季剛答應(yīng)接掌秘書長(zhǎng)的時(shí)間，是在趙出任直隸都督之前。而其時(shí)章太炎尚未大鬧總統(tǒng)府，更沒(méi)被幽居龍泉寺，當(dāng)然更談不上絕食事件(那已到一九一四年五月間了)，潘重規(guī)似乎有意將黃季剛出任秘書長(zhǎng)的時(shí)間后延，用來(lái)加重他“屈身事兇”是為了營(yíng)救其師的氛圍。

其實(shí)在這之前，章太炎和袁世凱還在談設(shè)立“弘文館”之事，但袁并無(wú)心于此，他只是想要籠絡(luò)章太炎，想以一種名義及金錢，以示羈縻而已。袁、趙要籠絡(luò)章氏，勢(shì)必也要籠絡(luò)章氏最得意的弟子黃季剛。因此趙秉鈞必然卑辭厚禮，要黃季剛接受他的邀請(qǐng)。此事章太炎必然也知道，因此后來(lái)章太炎撰《黃季剛墓志銘》中有云：“季剛自度，不能與時(shí)俗諧，不肯求仕宦。嘗一為直隸都督趙秉鈞所迫，強(qiáng)出秘書長(zhǎng)，非其好也。”合理推測(cè)，此次黃季剛出任秘書長(zhǎng)，可說(shuō)是完全為了章太炎，為了“弘文館”之事能圓滿達(dá)成。又“弘文館”之館員皆為章門弟子，何獨(dú)不見(jiàn)黃季剛之名，是此時(shí)黃季剛已答應(yīng)趙秉鈞之邀乎？因此潘氏以其為“營(yíng)救其師”，無(wú)疑不確。黃季剛在就職前夕曾托名華亭女子有詩(shī)二首以見(jiàn)意，詩(shī)云：“戎幕棲遲杜牧之，愁來(lái)長(zhǎng)詠杜秋詩(shī)。美人紅淚才人筆，漂泊情懷世豈知。”“簪筆何殊挾瑟身，天涯同病得斯人。文才遠(yuǎn)愧汪容甫，也擬摛詞吊守真?！笔且匀A亭淪落女子自比，真是極無(wú)可奈何之運(yùn)，對(duì)無(wú)可告訴之天，惟有托言簪筆饑軀，棲遲戎幕，以寄哀思。其中難言之隱，溢于言表。

后來(lái)章太炎被幽居龍泉寺時(shí)，黃季剛還身處戎幕中，或謂其可斷然離去，但是若如此將對(duì)其師則更是不利，于是他只能忍負(fù)師門，欲報(bào)無(wú)從了。章太炎在自定年譜中提到幽居之時(shí)，常來(lái)候視他的弟子有錢季中(后改名錢玄同)、平剛(少璜)。其中平剛亦是黃季剛的好友，后來(lái)當(dāng)平剛離京別去后，黃季剛感念今昔，有長(zhǎng)歌一首贈(zèng)之。其中有句云：“微軀苦受饑寒累，屈身戎幕儒為戲，枉將小技換錢刀，卻望師門負(fù)恩義?！逼渲须[情難言，是不能一言自白的，于是他只有冒辜負(fù)師門恩義之惡名，其用心亦良苦矣。直到一九一四年二月二十七日趙秉鈞暴卒任所，黃季剛始得脫離戎幕，結(jié)束兩個(gè)月又十一天的任期。他有詩(shī)云：“沽水回流尚繞闌，來(lái)時(shí)曾此卸征鞍。豈知兩月朱門客，也當(dāng)邯鄲一夢(mèng)看?！边@“兩月朱門”對(duì)他而言，真仿如噩夢(mèng)一場(chǎng)。

至一九一四年夏末，章太炎又為袁氏轉(zhuǎn)幽禁于錢糧胡同，黃季剛曾兩度入京省視。據(jù)掌故大家徐一士說(shuō)：“章在錢糧胡同寓所，所用仆人及庖人，共有十人左右之多，一仆系前由軍政執(zhí)法處長(zhǎng)陸建章所薦，曾隨侍于龍泉寺，此外則吳炳湘所間接推薦，蓋由警察之類改充，皆負(fù)有暗中監(jiān)視之責(zé)者也?！庇址Q：章氏門人黃季剛應(yīng)北京大學(xué)之聘來(lái)京，講授詞章學(xué)和中國(guó)文學(xué)史，見(jiàn)章生活寂寞、身體消瘦，恐其健康受損，于國(guó)于私都為不利，于是假借“欲與章同寓，俾常近大師，遇有疑難之處，可以隨時(shí)請(qǐng)教”為名，被允許搬入章太炎囚禁處，就近照料，“不料不數(shù)月，而黃突為警察逐出，章氏因之復(fù)有絕食之事?！敝簏S季剛更罔顧生死，奔走營(yíng)救，嘗有《致教育總長(zhǎng)湯濟(jì)武(化龍)托救太炎師書》，中有“安可獨(dú)使斯人長(zhǎng)此仰日月而不見(jiàn)照燭，臨風(fēng)塵而不得經(jīng)過(guò)，悵恨郁塞槁餓以死乎？”語(yǔ)甚哀切，終不負(fù)師門風(fēng)義。