光緒二十四年(1898)，戊戌變法失敗，光緒被幽禁于西苑瀛臺(tái)。珍妃也因干政被拘禁于紫禁城中的北三所，兩名宮女日夜輪流看守，門從外面鎖上，飲食從門下送入。珍妃原來所居的景仁宮被封，她位下的太監(jiān)也受到牽連，不是被處死，便是被罰做苦役或驅(qū)逐。慈禧還諭令所有太監(jiān)，不準(zhǔn)為珍妃傳遞信息，如果查出，就地正法，絕不姑息。從此，這一對(duì)彼此相愛的眷侶遙遙相望，不得相見。珍妃直到死，也未能再見光緒一面。

光緒二十六年(1900)七月，八國(guó)聯(lián)軍侵入北京，慈禧太后攜光緒、皇后、瑾妃等逃往西安，珍妃卻沒有在隨行之列，在出逃之前，她墜井而死。關(guān)于珍妃的死，民間有種種說法。

有人說珍妃是自己跳井而死的，慈禧西逃前，因?yàn)椴荒軒嗳耍宰屨溴啬锛冶艿?。可珍妃不識(shí)大體，死活要跟隨。慈禧一怒之下便讓她去死。沒想到珍妃倔犟，說死馬上就跳井死了，旁人攔也攔不住。這是慈禧的后人說的，但是這一說法難免有為長(zhǎng)者諱的意味，既然不能帶太多人，命珍妃回家避禍，那么讓珍妃的姐姐瑾妃隨行又是何道理呢？

慈禧出逃前夕，已經(jīng)有了將珍妃置于死地的念頭。有人說珍妃進(jìn)言請(qǐng)光緒留在北京，主持議和。慈禧一怒之下命崔玉貴將其推入樂壽堂后的井中。也有人說珍妃并未說過讓光緒留京的話，是慈禧以不能任洋人侮辱為由將其害死。珍妃不愿意死，慈禧便命令崔玉貴將她強(qiáng)行推下井，這口井后來被稱為“珍妃井”。

光緒二十七年(1901)春，議和成功，遠(yuǎn)在西安的慈禧派崔玉貴回京探聽消息，并命內(nèi)務(wù)府打撈珍妃的遺體。珍妃的遺體在井中泡了一年多，已經(jīng)膨脹變形了，再加上井口又小，打撈了很久才被打撈上來，內(nèi)務(wù)府置辦棺材，將其遺體裝殮入棺，簡(jiǎn)單潦草地葬于阜成門外恩濟(jì)莊的宮女墓地。

同年十一月二十九日，慈禧從西安回到北京。次日，發(fā)布了一道懿旨，將珍妃的死說成是“倉(cāng)猝之中，扈從不及”，節(jié)烈可嘉，并追封她為貴妃。珍妃的姐姐瑾妃懷念她，在珍妃井附近設(shè)置了一個(gè)小靈堂，神龕供奉著珍妃的神位，神龕橫額上親書“精衛(wèi)通誠(chéng)”4個(gè)大字，以頌揚(yáng)珍妃對(duì)光緒的一片真情。

民國(guó)二年(1913)，在瑾妃(時(shí)為端康皇太妃)的要求下，宣統(tǒng)帝溥儀將珍妃遷葬光緒景陵妃嬪園寢。1921年，溥儀以珍妃“溫恭夙著”，追謚為恪順皇貴妃。