清初，西北方居住的蒙古分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古三大部。漠北喀爾喀蒙古內(nèi)部又分為扎薩克圖、土謝圖、車臣等三部，漠西厄魯特蒙古內(nèi)部又分為準(zhǔn)噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部。清軍入關(guān)之前，漠南蒙古就已歸附大清，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清政府關(guān)系密切。

康熙二十六年(1687年)底，沙俄參加中俄邊界談判的全權(quán)代表戈洛文，在伊爾庫(kù)茨克專門(mén)接見(jiàn)了噶爾丹的代表，陰謀策動(dòng)噶爾丹叛亂，支持他進(jìn)攻喀爾喀蒙古。在沙皇俄國(guó)的唆使下，噶爾丹終于率兵進(jìn)攻喀爾喀蒙古。

康熙二十七年(1688年)，噶爾丹親率騎兵三萬(wàn)自伊犁東進(jìn)，越過(guò)杭愛(ài)山，進(jìn)攻喀爾喀，占領(lǐng)整個(gè)喀爾喀地區(qū)?？柨θ渴最I(lǐng)倉(cāng)皇率眾數(shù)十萬(wàn)分路東奔，逃往漠南烏珠穆沁(今內(nèi)蒙古烏珠穆沁旗)一帶，向清廷告急，請(qǐng)求保護(hù)?？滴跻幻姘阉麄儼仓迷诳茽柷?今內(nèi)蒙古科爾沁旗)放牧，一面責(zé)令噶爾丹罷兵西歸。但噶爾丹氣焰囂張，置之不理，反而率兵乘勢(shì)南下，深入烏珠穆沁境內(nèi)。對(duì)于噶爾丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵馬，嚴(yán)行防堵，一面調(diào)兵遣將，準(zhǔn)備北上迎擊，先后在烏蘭布通和昭莫多大破準(zhǔn)噶爾。

康熙三十六年(1698年)二月，康熙鑒于噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。噶爾丹在眾叛親離的情況下，服毒自殺而死。至此康熙時(shí)期平定噶爾丹叛亂之戰(zhàn)始告結(jié)束，喀爾喀地區(qū)重新統(tǒng)一于清朝。

噶爾丹死后，策妄阿拉布坦便成為準(zhǔn)噶爾部的統(tǒng)治者。隨著他的統(tǒng)治地位的鞏固和地盤(pán)的不斷擴(kuò)大，又滋長(zhǎng)了分裂割據(jù)的野心，沙皇俄國(guó)也積極支持其叛亂。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不斷襲擊清軍據(jù)守的科布多、巴里坤(今新疆巴里坤)、哈密等軍事重鎮(zhèn)，并派兵侵入西藏，進(jìn)行分裂叛亂活動(dòng)。由于康熙及時(shí)派兵進(jìn)藏協(xié)同藏軍進(jìn)行圍剿，才將策妄阿拉布坦叛亂勢(shì)力趕出西藏。