繼八旗蒙古的建立，皇太極把旗的編制推廣到整個(gè)蒙古地區(qū)，把蒙古分為內(nèi)蒙古和外蒙古。內(nèi)蒙古二十四部，陸續(xù)編為四十九旗，這種旗主要職能是管理本旗民事與行政。以后，由若干個(gè)旗組成一個(gè)“盟”(朝廷指定的會(huì)盟處)，作為中央對(duì)旗的監(jiān)督機(jī)構(gòu)，“不能干預(yù)各旗事務(wù)，也無(wú)權(quán)發(fā)布政令”，“盟長(zhǎng)主要是(各旗)會(huì)盟的召集人”。內(nèi)蒙古四十九旗，設(shè)哲里木、卓索圖、昭烏達(dá)、錫林郭勒、烏蘭察布、伊克昭六盟。通過(guò)盟旗制度實(shí)行分而治之，把廣大蒙古人民固定在各自的區(qū)域中。

內(nèi)蒙古各旗也有兵丁，但就其性質(zhì)而論，近乎于民兵。盡管內(nèi)蒙古許多部旗在清統(tǒng)一或維護(hù)統(tǒng)一的戰(zhàn)爭(zhēng)中出力甚多，但戰(zhàn)后，他們又在一個(gè)固定的地域中生產(chǎn)、生活了，而不同于入關(guān)后職業(yè)性的八旗軍。內(nèi)蒙古各旗設(shè)扎薩克(旗長(zhǎng))，多為世襲，向上對(duì)口是處理少數(shù)民族(以蒙古族為主)事務(wù)的理藩院和駐防節(jié)制將軍。而八旗中，每旗一都統(tǒng)，直對(duì)中央兵部(軍機(jī)處)。內(nèi)蒙古六盟四十九旗，外蒙古八十六旗(設(shè)于康熙三十年——1691年)的顏色沒(méi)什么規(guī)定，因?yàn)樗麄儫o(wú)論如何善戰(zhàn)，也是雜牌軍。

蒙古旗與蒙古八旗易混者為現(xiàn)在還有的內(nèi)蒙古錫林郭勒盟內(nèi)的鑲黃旗、正鑲白旗、正蘭旗的名稱(chēng)與現(xiàn)行體制同。上述三旗在清時(shí)也的確是蒙古八旗的建制和駐防地域。此八旗為康熙十四年(1675年)置，稱(chēng)口外游牧察哈爾八旗，初為總管級(jí)，屬在京蒙古都統(tǒng)兼轄。乾隆二十六年，改置都統(tǒng)(八旗都統(tǒng)為從一品大員)，駐張家口?，F(xiàn)在，此八旗中只保留四旗三名(正鑲白旗二旗合名)，右翼的四旗己經(jīng)不存在了，地域當(dāng)在烏蘭察布盟的涼城、卓資、察右前、察右中、察右后、集寧、化德各旗縣之地。

蒙古八旗的編立，表明了八旗制度的基本完善和全面確立，不但極大的擴(kuò)充了清政府的兵源，有利于和明朝的作戰(zhàn)，而且也從根本上加強(qiáng)了對(duì)東北各民族行政統(tǒng)治和管理。促進(jìn)了全國(guó)各地政治、經(jīng)濟(jì)和文化的發(fā)展，進(jìn)一步壯大了后金—清王朝的實(shí)力。